Juan Carlos Valerón es considerado un jugador muy frío, que destaca por su calidad técnica y visión de juego, con un talento único para dar el último pase. SE trata de uno de los jugadores más talentesos de España que no tiene suerte con las lesiones hasta el punto de amenazar seriamente su carrera.

Valerón empezó jugando en las categorías inferiores de la Unión Deportiva Las Palmas, equipo al que llegó procedente de la prolífera cantera del Arguineguín, club de su pueblo natal, de donde han salido otros jugadores como David Silva (Valencia) o Aythami Artiles (UD Las Palmas). En 1995 debuta en Segunda División, tras conseguir el ascenso con el conjunto amarillo una temporada antes, coincidiendo con su hermano Miguel Ángel Valerón y jugadores como Turu Flores, Walter Pico o Manuel Pablo, a la postre compañero en Riazor.

En 1997 es fichado por el Mallorca debutando el 30 de agosto en casa frente al Valencia con victoria local por dos tantos a uno. Tras una gran temporada el Club Atlético de Madrid lo ficha. En el club rojiblanco se hace con la titularidad ante Juninho, fichaje estrella del club. Tras dos malas temporadas del equipo que acaban con el descenso a Segunda División es trapasado al Deportivo de La Coruña.

En el Deportivo gana la Supercopa nada más aterrizar en el club. Un par de temporadas después gana la Copa del Rey y una nueva Supercopa. En el club gallego es titular desde su llegada, y el auténtico cerebro del ataque del equipo blanquiazul. En Febrero de 2006 sufre una grave lesión: una rotura del ligamento cruzado anterior de la rodilla. En la pretemporada siguiente a su recuperación (comienzo de 2006-2007), recae otra vez. Aunque se espera su reaparición para diciembre de 2006, "El Flaco" volverá a pasar por el quirófano el sábado 24 de marzo del 2007 por nuevos problemas en su maltrecha rodilla izquierda.