Juan Carlos Valerón es un jugador que destaca por su calidad y por su visión de juego, con un gran talento para dar el último pase. Es un futbolista muy frío y calmado por lo que a veces es acusado de falta de garra.

Empezó jugando en las categorías inferiores de la Unión Deportiva Las Palmas, equipo al que llegó procedente de la cantera del Arguineguín, club de su pueblo natal, de donde han salido otros jugadores como David Silva (Valencia CF) o Aythami Artiles (Xerez CD).

En 1995 debuta en Segunda División, tras conseguir el ascenso con el conjunto amarillo una temporada antes, coincidiendo con su hermano Miguel Ángel Valerón y jugadores como Turu Flores, Walter Pico o Manuel Pablo, a la postre compañero en Riazor.

En 1997 es fichado por el Mallorca debutando el 30 de agosto en casa frente al Valencia con victoria local por dos tantos a uno. Tras una gran temporada el Club Atlético de Madrid lo ficha. En el club rojiblanco se hace con la titularidad ante Juninho, fichaje estrella del club. Tras dos malas temporadas del equipo que acaban con el descenso a Segunda División es trapasado al Deportivo de La Coruña.

En el Deportivo gana la Supercopa recién aterrizado en el club. Un par de temporadas después gana la Copa del Rey y una Supercopa. De todas formas, en el club gallego no es titular desde su llegada, debido a que Djalminha, que ocupa su misma posición en el campo, se encuentra en un gran estado de forma. Con el tiempo, y ayudado por la falta de entendimiento entre el astro brasileño y el entrenador Javier Irureta, Valerón se gana la titularidad y se convierte en el nuevo cerebro del ataque del equipo blanquiazul.

En febrero de 2006 sufre una grave lesión: rotura del ligamento cruzado anterior de la rodilla. En la pretemporada siguiente a su recuperación (comienzo de 2006-2007), recae otra vez. Cuando a principios de 2007 parece que está recuperado, recae de nuevo. Se le somete de nuevo a otra operación el 24 de marzo de 2007. Volvió a jugar en partido oficial el 27 de enero de 2008.Desde entonces el entrenador Miguel Ángel Lotina le ha ido administrando los minutos entre Copa del Rey y Copa de la UEFA.Con la reciente lesión de su compañero Andrés Guardado ha vuelto a la titularidad en liga demostrando que la visión de juego que lo caracteriza se ha mantenido intacta durante su convalecencia.

Valerón creó un equipo en Gran Canaria, C.D.Unión Abrisajac, el cual es llevado por sus hermanos.
Su debut como internacional se produjo el 18 de noviembre de 1998 en el partido Italia 2:2 España, habiendo jugado 46 partidos en los que marcó 5 goles.